Ciò che non si può assegnare dovrebbe essere in grigio, gli utenti quanti gruppi server e channel hanno? (per il caso in cui hai notato i gruppi in nero) Inoltre potrebbe influire anche una skin del client fatta male, consiglio di provare con quella predefinita.
Un altro caso potrebbe aver portato a non riflettere la cosa immediatamente al client, prova semplicemente a far rientrare l'utente nel server.
Non credo di aver capito, intendi rimuovere o aggiungere un gruppi a più persone contemporaneamente? Non si può fare, però se apporti modifiche ad un gruppo e quel gruppo è già stato assegnato allora le modifiche saranno applicate anche a chi ha già il gruppo (non può avvenire il contrario, permessi non aggiornati a chi ha già un gruppo).