Ciao,
al momento tutti i test per tentare di individuare il problema li farei con ip e porta (lasciando stare il dominio per escludere a priori problematiche legate ai dns, un altro paio di maniche).
Da come hai descritto la situazione sembrerebbe più un firewall tra voi e il vps, soprattutto perché tramite serverquery (yatqa) i vari server risultano online. Posso dare un'occhiata ai log per scrupolo, zippa la cartella /logs del server, caricala in qualche servizio di file sharing e inviami il link per MP.
Kaos