Ciao,
la modalità di trasferimento (Trasferimento-> Modalità di trasferimento) è su "Automatico" vero?
Detto questo, il problema è dovuto al formato del file, tramite vim apri ts3server_startscript.sh e fai ":set fileformat=unix", poi salva ed esci con ":wq!". Puoi fare la stessa cosa anche scaricandolo e modificandolo con Notepad++ (Modifica-> Converti carattere di fine linea-> Formato unix).
Kaos